iPad Pro 9.7にiOS10 BetaやGMなどを入れていて、安定版が出たタイミングで安定版を入れなおしたりしていたら、Safariでキーチェーンに保存されているはずのパスワードが表示されなくなっていたという問題。
結論
1. 設定.app → iCloud → キーチェーン がオンになっていることを確認
2. 設定.app → Safari → パスワード → Touch IDで認証
3. 設定.app → Safari → 自動入力 → ユーザ名とパスワード → オンにする(オフになってた)
https://support.apple.com/ja-jp/HT203783
地味にこういうトラブルは時間がかかって嫌だ。