Gitlabをアップデートした
omnibus版は便利とは聞くけどソースで管理している。
https://github.com/gitlabhq/gitlabhq/tree/master/doc/update
ここにあるコマンドを使えばokだったけど、rbenvを使っていたためにsudoコマンドを使うとbundlerが/usr/bin/bundlerを見てしまっていたのでmdファイルに記載のコマンドでsudo -u git -Hは使わなかった。
注意点はそれくらいでアップデートできました。